福尔马林能有效地杀死细菌繁殖体，也能杀死芽胞如炭疽芽胞，以及抵抗力强的结核杆菌、病毒。福尔马林多用于畜禽棚舍、仓库、卵化室、皮毛、衣物、器具等的熏蒸消毒和标本、尸体防腐;也用于胃肠道制酵。
为了防止过量的福尔马林对人体造成危害，国家质量技术监督检验检疫总局出台了在国内销售的纤维制品福尔马林含量标准，从2003年1月1日起正式实施。
福尔马林的使用涵盖之层面其实相当广泛，其中因甲醛能与蛋白质的氨基结合，使蛋白质凝固，因此在医药上可做为检验时的组织固定剂、以及防腐剂等。在浓度与剂量足够时，此特性对大部分微生物都具破坏能力，所以也常做为一种消毒剂。
而福尔马林在工业上的使用，性质也相当多，例如运用于制作黏着剂、染剂、涂料等，所衍生出来的产品在我们的生活中其实相当容易接触到〈亦是气喘之可能过敏源〉。
