纳豆制作方法：传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。
现代的制作方式，是利用蒸过的黄豆加上人工培养出的纳豆菌混合后，直接放在容器中使之发酵，黄豆以外之某些食品亦能制成纳豆。
食用方法：传统上先将纳豆加上酱油或日式芥末（一般在百货所卖的盒装纳豆，使用的是日式淡酱油还有黄芥末），搅拌至丝状物出现，置于白饭上食用，是为纳豆饭。也有人将纳豆和生鸡蛋、葱、茗荷、萝卜、柴鱼等各种食材一起混合。
